毛細管空調在室內環境健康、舒適度方面的貢獻確實是傳統空調無可比擬的。但從來不存在百分百完美的東西。他也有自己的缺點：
1、毛細管空調由于對溫濕度的精準把控，能夠提供的高舒適性室內環境，因此相對對于圍護結構和門窗要求會較高，科技住宅的外保溫和隔熱門窗會做的非常到位。目前由于國家強制的節能規定，開發商在這方面已經比較良心，基本都能做到滿足毛細管空調的需求。
2、由于毛細管是作為冷暖輻射面鋪設在地面和天花板，在夏季工況下，輻射面是低溫輻射面，如果有濕熱空氣的涌入就會導致輻射面結露，長久會導致霉變。所以開放商通常的做法是窗戶不可開啟或者是減小開啟。同時搭配除濕新風系統，通過加大風量去除結露可能。
搞懂原理之后，接下來分析結露的可能：因為毛細管與其他輻射空調系統不同，夏季水溫相對屬于高溫水17/19℃，輻射面的溫度在22℃，而夏季露點溫度一般不高于24℃，露點溫度差不超過2℃，相對來講結露的可能性已經非常小?，F在相當多的開發商已經通過控制系統解決了結露問題，就是通過露點探測器進行露點監控，做到系統的及時啟停，預防結露。因此這相對并不是一個大問題，否則也不會有大批的開發商跟上了。
3、設計難度會有所上升，在頂棚造型方面，暖通設計師需要與室內設計師需要更加深度的溝通。比如在天花需要做造型的區域，把毛細管空開，預留木龍骨等方法，這些都會增加室內設計的難度。但同樣會豐富設計的深度，拓展室內設計的維度。當然最適合毛細管的是德式風格的室內設計，因此毛細管在德國的應用相對更為廣泛。
